阴离子和阳离子聚丙烯酰胺都是属于高分子有机聚合物。这两者在污水处理中多作为絮凝剂使用，但其作用基理及作用效果都会有所区别。在不同行业的废水处理中的要求及作用效果也不同，这也是为什么使用聚丙烯酰胺时需要进行选型的主要原因。

阴离子聚丙烯酰胺：

阴离子聚丙烯酰胺对于悬浮颗粒，较粗、浓度高、粒子带阳电荷，水PH值为中性或碱性的污水，由于阴离子聚丙烯酰胺分子链中含有一定量极性基能吸附水中悬浮的固体粒子，使粒子间架桥形成大的絮凝物。因此它加速悬浮液中的粒子的沉降，加快溶液的澄清，促进过滤等效果。

阳离子聚丙烯酰胺：

阳离子聚丙烯酰胺却在酸性或碱性介质中均呈现阳电性，它通常会比阴离子或非离子型聚丙烯酰胺分子量低，其澄洁污水的性能主要是通过电荷中和作用而获得。这类絮凝剂的功能主要是絮凝带负的电荷，具有除浊、脱色功能。在酒精厂、味精厂、制糖厂、肉制品厂、饮料厂、印染厂等废水处理中用阳离子聚丙烯酰胺要比用阴离子聚丙烯酰胺，非离子聚丙烯酰胺或无机盐效果要高数倍或数十倍，因为这类废水普遍带有阴电荷。

不同的用户现场的水质有所不能，根据水质的特点来选择采用阳离子聚丙烯酰胺、阴离子聚丙烯酰胺、还是两性离子聚丙烯酰胺等，然后通过小试确定更适合客户现场使用的型号，这样可以用更小的加药量达到客户处理要求，帮助客户有效的节约成本。